植物の環境感覚:刺激受容から細胞応答まで - 文部科学省 科学研究費補助金 新学術領域研究 平成22年度~26年度

中迫 雅由

2014年度

原著論文

  • Takayama, Y., S. Maki-Yonekura, T. Oroguchi, M. Nakasako and K. Yoneura (2015) Signal enhancement and Patterson-search phasing for high-spatial-resolution coherent X-ray diffraction imaging of biological objects. Scientific Reports 5/ doi:10.1038/srep08074, 8074.
  • Kobayashi, A., Y. Sekiguchi, Y. Takayama, T. Oroguchi and M. Nakasako (2014) Dark-field phase retrieval under the constraint of the Friedel symmetry in coherent X-ray diffraction imaging. Optics Express 22, 27892–27909.
  • Sekiguchi, Y., M. Yamamoto, T. Oroguchi, Y. Takayama, S. Suzuki, and M. Nakasako (2014) IDATEN and G-SITENNO: GUI-assisted software for coherent X-ray diffraction imaging experiments and data analyses at SACLA. Journal of Synchrotron Radiation 21, 1378-1383.
  • Xu, R., H. Jiang, C. Song, J. A. Rodriguez, Z. Huang, C.-C. Chen, D. Nam, J. Park, M. Gallagher-Jones, S. Kim, S. Kim, A. Suzuki, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Takahashi, J. Fan, Y. Zou, T. Hatsui, Y. Inubushi, T. Kameshima, K. Yonekura, K Tono, T. Togashi, T. Sato, M. Yamamoto, M. Nakasako, M. Yabashi, T. Ishikawa and J. Miao (2014) Single-shot 3D structure determination of nanocrystals with femtosecond X-ray free electron laser pulses” Nature Communications 10/ doi: 10.1038/ncomms5061, 5061.
  • Sekiguchi, Y., T. Oroguchi, Y. Takayama and M. Nakasako (2014) Data processing software suite SITENNO for coherent X-ray diffraction imaging using X-ray free electron laser SACLA. J. Synchrotron Radiation 21, 600-612.
  • Okajima, K., Y. Aihara, Y. Takayama, M. Nakajima, S. Kashojiya, T. Hikima, T. Oroguchi, A. Kobayashi, Y. Sekiguchi, M. Yamamoto, T. Suzuki, A. Nagatani, M. Nakasako and S. Tokutomi (2014) Light-induced conformational changes of LOV (Light Oxygen Voltage-sensing domain) 1 and LOV2 relative to the kinase domain and regulation of kinase activity in Chlamydomonas phototropin. Journal of Biological Chemistry 289, 413-422.

総説・解説・著書

  • 中迫雅由、山本雅貴 (2015) 我が国における生体分子・粒子の構造解析-過去・現在そして未来の展望. 日本物理学会誌(印刷中)
  • Nakasako, M., M. Yamamoto, and Y. Takahashi (2015) KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging. SPring-8 Research Frontier in press.
  • Nakasako, M., K. Okajima (2015) Blue light-induced conformational changes in Chlamydomonas phototropin. SPring-8 Research Frontier in press.
  • 中迫雅由、苙口友隆、関口優希、小林周、橋本早紀、白濱圭也、山本雅貴、引間孝明、米倉功治、高山裕貴、眞木さおり、高橋幸生、鈴木明大、松永幸大、乾弥生、星 貴彦 (2014) X線自由電子レーザーを用いた非結晶粒子のコヒーレントX

国際学会(招待講演)

  • Takayama, Y. Nakasako, M., Oroguchi, T., Sekiguchi, Y., Yamamoto, M., Yonekura, K., Takahasi, Y., Suzuki, A., Matsunaga, S., and Tsujimoto-Inui, Y. (2015) Cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological particles at SACLA (Invited). 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography, 7 August 2014, Montréal, Québec, Canada.

新聞・報道

  • 高山祐貴、眞木さおり、苙口友隆、中迫雅由、米倉功治、2015年1月29日 日刊工業新聞 Business Line 「生体試料 解像度2倍 理研慶大 金粒子で回折光強化」
  • 高山祐貴、眞木さおり、苙口友隆、中迫雅由、米倉功治、2015年1月29日 日刊工業新聞 朝刊25面 「生体試料 解像度2倍 理研慶大 金粒子で回折光強化」
  • 高山祐貴、眞木さおり、苙口友隆、中迫雅由、米倉功治、2015年1月29日 化学工業日報 朝刊4面 「生体試料X線回折 金粒子でより精緻に 理研慶大 従来比2倍超の分解能」
  • 関口優希、苙口友隆、高山裕貴、中迫雅由、Yahoo headline 2014年3月14日「慶応大など、CXDI手法のデータを高効率で解析するソフト「四天王」を開発」
  • 関口優希、苙口友隆、高山裕貴、中迫雅由、マイナビニュース 2014年3月12日 「慶応大など、CXDI手法のデータを高効率で解析するソフト「四天王」を開発」
  • 関口優希、苙口友隆、高山裕貴、中迫雅由、日経WEB 2014年3月6日「X線自由電子レーザーを用いたコヒーレントX線回折イメージング実験データをその場で迅速に処理するソフトウェアの実用化-SACLAの効率的な利用を目指して-」

受賞

  • 関口優希, 高山裕貴, 苙口友隆, 中迫雅由 (2014) 第27回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウムJSR14学生発表賞, 2014年2月4日




2013年度

原著論文

  • Takahashi, Y., A. Suzuki, N. Zettsu, T. Oroguchi, Y. Takayama, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, M. Yamamoto and M. Nakasako (2013) Statistical coherent diffraction imaging analysis of shape-controlled nanocrystals with focused hard x-ray free electron laser pulses. Nano Letter 13, 6028–6032.
  • Nakasako, M., Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, K. Shirahama, M. Yamamoto*, T. Hikima, K. Yonekura, S. Maki-Yonekura, Y. Kohmura, Y. Inubushi, Y. Takahashi*, A. Suzuki, S. Matsunaga, Y. Inui, K. Tono, T. Kameshima, Y. Joti, and T. Hoshi (2013) KOTOBUKI-1 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging. Rev. Sci. Instrum. 84, 093705 (11 pages).
  • Matsuoka, D. and M. Nakasako (2013) Application of empirical hydration distribution functions around polar atoms for assessing hydration structures of proteins. Chem. Phys. 419, 59-64.
  • Oroguchi, T. and M. Nakasako (2013) Three-dimensional structure determination protocol for noncrystalline biomolecules using x-ray free-electron laser diffraction imaging. Phys. Rev. E 87, 022712 (15 pages).

総説・解説・著書

  • 松岳大輔, 中迫雅由 (2013) 経験的水和分布関数の構築と蛋白質水和構造予測への応用. タンパク質結晶の最前線 pp221-229, シーエムシー出版.
  • 中迫雅由 (2013) BCR/抗体による認識. 標準免疫学第三版 第二部 構成的メカニズム:認識のメカニズム pp 107-114, 医学書院.
  • 中迫雅由, 山本雅貴 (2013) 先端的X線光源による細胞の空間階層イメージング. パリティ28 (7), 16-19.
  • 中迫雅由, 苙口友隆, 高山裕貴, 中島真, 松井夕花 (2013) 蛋白質水和構造の実験研究. アンサンブル 15, 7-18.
  • 松岳大輔, 中迫雅由 (2013) 蛋白質極性原子周辺の水分子分布 -データベース解析と水和構造予測―. アンサンブル 15, 19-27.
  • 中迫雅由, 苙口友隆, 高山裕貴, 小林周, 児玉渉, 坂本啓太, 吉留崇, 池口満徳 (2013) コヒーレントX線回折イメージング構造解析理論の開発と展望. 放射光 26, 11-25.

国際学会(招待講演)

  • Nakasako, M., Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, K. Shirahama, M. Yamamoto, T. Hikima, K. Yonekura, S. Maki-Yonekura, Y. Kohmura, Y. Inubushi, Y. Takahashi, A. Suzuki, S. Matsunaga, Y. Inui, Y. Ichikawa, H. Kurumizaka, K. Tono, T. Kameshima, Y. Joti, T. Hoshi (2013) 6-th Workshop on FEL Science, 4 November 2013, Tainan, Taiwan.
  • Miao, J., R. Xu, H. Jiang, C. Song, J. A. R. Z. Huang, C.-C. Chen, D. Nam, J. Park, Marcus G.-Jones, S. Kim, S. Kim, A. Suzuki, Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Takahashi, J. Fan, Y. Zou, T. Hatsui, Y. Inubushi, T. Kameshima, K. Yonekura, K. Tono, T. Togashi, T. Sato, M. Yamamoto, M. Nakasako, M. Yabashi, and T. Ishikawa (2013) 6-th Workshop on FEL Science, 4 November 2013, Tainan, Taiwan.
  • Nakasako, M., Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, K. Shirahama, M. Yamamoto, T. Hikima, K. Yonekura, S. Maki-Yonekura, Y. Kohmura, Y. Inubushi, Y. Takahashi, A. Suzuki, S. Matsunaga, Y. Inui, Y. Ichikawa, H. Kurumizaka, K. Tono, T. Kameshima, Y. Joti, T. Hoshi (2013) Modeling biomolecular systems in cellular environment, 31 October, 2013, Kyoto, Japan,
  • Matsuoka, D. and M. Nakasako, (2013) The 13-th Korea Institute of Advanced Study (KIAS) Conference, 26 September 2013, Seoul, Korea,
  • Nakasako, M., Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, K. Shirahama, M. Yamamoto, T. Hikima, K. Yonekura, S. Maki-Yonekura, Y. Kohmura, Y. Inubushi, Y. Takahashi, A. Suzuki, S. Matsunaga, Y. Inui, K. Tono, T. Kameshima, Y. Joti, T. Hoshi (2013) The 7-th Asia Oceania Forum for Synchrotron Radiation Research, 22 September 2013, Himeji, Japan.
  • Nakasako, M. (2013) International Symposium on Protein Folding and its Biological Significance,   5 March 2013, Okazaki, Japan.
  • Nakasako, M., Y. Takayama, T. Oroguchi, Y. Sekiguchi, A. Kobayashi, M. Nakajima, M. Yamamoto, K. Yonekura, T. Hikima, S. Maki-Yonekura, Y. Takahashi, A. Suzuki, S. Matsunaga, S. Kato and T. Hoshi (2013) Cryogenic CXDI of non-crystalline particles at SACLA. 4-th France-Japan Joint Seminar - Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells-, 9 January 2013, Harima, Japan.

新聞・報道

  • 中迫雅由 ナノテク情報-ナノテクノロジープラットフォーム 2013年12月9日 「X線自由電子レーザーを用いて金属ナノ粒子の粒度分布と内部組織を複合的に分析 ~世界最高クラスの効率・精度分析によりSACLAの産業利用を開拓~」
  • 中迫雅由 WEB ジャーナル OPTRONICS 2013年11月28日 「阪大など、X線自由電子レーザーを用いて金属ナノ粒子の粒度分布と内部組織を複合的に分析」
  • 中迫雅由 朝日新聞Digital 2013年10月10日 「慶大など、SACLAで生体分子解析-装置の実用性を確認」
  • 中迫雅由 日刊工業新聞 2013年10月10日 「慶大など、SACLAで生体分子解析 -装置の実用性を確認」
  • 中迫雅由 日経バイオテク 2013年10月4日 「慶應義塾大学、X線自由電子レーザーを用いて非結晶粒子の構造を高効率で解析する装置の実用化-SACLAの効率的利用を目指して-」
  • 中迫雅由 WEBジャーナル OPTRONICS 2013年10月4日 「慶大ほか、X線自由電子レーザを用いて非結晶粒子の構造を高効率で解析する装置を実用化」
  • 中迫雅由 日経WEB 2013年10月4日 「慶大や大阪大など、非結晶粒子の構造を高効率で解析する装置を実用化 X線自由電子レーザーを用いて非結晶粒子の構造を高効率で解析する装置の実用化 -SACLAの効率的利用を目指して-」
  • 中迫雅由 日経電子版 2013年3月13日 「慶大と理化学研究所、非結晶分子・粒子の構造解析を大幅に効率化する手法を提案」
  • 中迫雅由 WEBジャーナル OPTRONICS 2013年3月14日 「慶応大、非結晶分子・粒子の構造解析を大幅に効率化する手法を提案」
  • 中迫雅由 BioMarket 2013年3月14日「非結晶分子・粒子の構造解析を大幅に効率化する手法を提案」

受賞

  • 関口優希, 高山裕貴, 苙口友隆, 中迫雅由 (2013) 第26回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウムJSR13学生発表賞, 2013年2月4日
  • 小林周、高山裕貴、苙口友隆、中迫雅由 (2013 )第26回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウムJSR13学生発表賞, 2013年2月4日
  • 関口優希, 高山裕貴, 苙口友隆, 中迫雅由 (2013) 第27回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウムJSR14学生発表賞, 2014年2月4日




2012年度

原著論文

  • Takayama Y. and M. Nakasako, (2012) Humidity-controlled preparation of frozen-hydrated biological samples for cryogenic coherent x-ray diffraction microscopy. Rev. Sci. Instrum. 83, 054301 (6 pages).

総説・解説・著書

  • 中迫雅由,高山裕貴,苙口友隆,白濱圭也,関口優希,山本雅貴,米倉功治,引間孝明,眞木‐さおり,高橋幸生,鈴木明大,松永幸大,加藤翔一,星貴彦 (2012) X線自由電子レーザーを用いた非結晶粒子のコヒーレントX線回折イメージング実験. オプトロニクス368, 101-106.
  • 中迫雅由,高山裕貴,苙口友隆,白濱圭也,関口優希,山本雅貴,米倉功治,引間孝明,眞木‐さおり,高橋幸生,鈴木明大,松永幸大,加藤翔一,星貴彦 (2012) 非結晶粒子のコヒーレントX線回折イメージング. レーザー研究 40, 680-86.

国際学会(招待講演)

  • Nakasako, M. (2012) Static and Dynamical Pictures of Protein Hydration - to understand why water is indispensable for structures and functions of proteins. JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems, Nagoya, Japan.
  • Nakasako, M, Takayama, Y., Oroguchi, T., Sekiguchi, Y., Yamamoto, M., Yonekura, K. Hikima, T., Maki-Yonekura, S., Takahashi, Y., Suzuki, A., Matsunaga, S., Kato, S. and Hoshi, T. (2012) Cryogenic CXDI of non-crystalline particles at SACLA. COHERENCE 2012, Fukuoka, Japan.
  • Nakasako, M., Oroguchi, T. and W. Kodama (2012) Possibility of CXDI of bio-molecular assemblies using X-ray free-electron laser. 5-th International Workshop on FEL Science "Creation of New Science", Geyongju, Korea.
  • Nakasako, M, Takayama, Y., Oroguchi, T., Sekiguchi, Y., Kobayashi, A., Nakajima, M., Yamamoto, M., Yonekura, K. Hikima, T., Maki-Yonekura, S., Takahashi, Y., Suzuki, A., Matsunaga, S., Kato, S. and Hoshi, T. (2013) Cryogenic CXDI of non-crystalline particles at SACLA. 4-th France-Japan Joint Seminar - Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells-, Harima, Japan.




2011年度

原著論文

  • Y. Takayama and M. Nakasako (2011) A few low-frequency normal modes predominantly contribute to conformational responses of hen egg white lysozyme in the tetragonal crystal to variations of molecular packing controlled by environmental humidity. Biophys. Chem. 159: 237-246
  • W. Kodama and M. Nakasako (2011) Application of a real-space three-dimensional image reconstruction method in the structural analysis of non-crystalline biological macromolecules enveloped by water in coherent X-ray diffraction microscopy. Phys. Rev. E, 84: 021902 (15 pages).
  • Takusagawa, H., Yamamura, S., Endo, S.* Sugawara, Y., Inagaki, T. and Masayoshi, N. (2011) New monoclinic form of bovine pancreatic ribonuclease A from a high-salt solution and intermolecular interactions Journal of Crystal Growth 319: 49-56.
  • Takayama, Y. Masayoshi, N.*, Okajima, K., Iwata, A., Kashojiya, S., Matsui, Y. and Tokutomi, S.* (2011) Light-induced movement of LOV2 domain in Asp720Asn-mutated LOV2-kinase fragment of Arabidopsis phototropin 2 Biochemistry 50: 1174-1183.

総説・解説・著書

  • 中迫雅由、山本雅貴(2011)「X線自由電子レーザー(XFEL)の生命科学での利用」、日本生物物理学会誌、51: 278-281.
  • 中迫雅由、松岳大輔(2011)「生命には何故水が必要なのか-蛋白質の機能と水和構造の相関」、日本応用物理学会誌、80: 903-907.

新聞・報道

  • 中迫雅由、BSフジ 2011年12月11日、AM8:00-8:30(再放送 2011年12月18日、 AM8:00-8:30)「ガリレオX 加速器最前線」




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